常用的金属盐类杀生剂是铜盐和汞盐。铜的化合物主要是硫酸铜，其次是氯化铜。用硫酸铜来杀菌除藻的历史悠久。汞的化合物有汞的氧化物（如Hg₂O、HgO）和汞的卤化物（如HgCI、HgCI₂、HgF₂等），而常用的有机汞有苯基汞盐、磷酸乙基汞盐和吡啶汞盐等。

硫酸铜对细菌微生物有较强的杀生作用，一般认为铜离子能凝结菌体的胶体物质，从而破坏了细胞的呼吸和代谢作用，致使细胞死亡。硫酸铜控制菌、藻的有效浓度不仅比氯气的用量低，而且杀生速度也快，如循环冷却水中菌藻类繁殖严重时，可采用冲击式投加硫酸铜0.2～1.0mg/L，如需防止污泥的形成亦可投加2 mg/L的硫酸铜。

汞的化合物均属有毒物质，都具有较强的杀生作用，一般来说，凡具有渗透性的有机汞化合物比无机汞化合物的毒性大，而有机汞离子的杀菌力比有机汞为强。

由于这些重金属离子对水生生物和哺乳动物都有相当的危害，特别是对鱼类的毒性仍较严重，以及铜离子、汞离子等可以沉积到钢铁表面上，常引起金属的电偶腐蚀，所以在循环冷却水系统中，它们一般都不单独作为杀生剂使用，其使用者已日益减少。